সংস্থাটি স্বাধীনতাপূর্ব ১৯৫৮ সনে স্বাস্থ্য পরিদপ্তর নামে স্থাপিত হয়। ১৯৮০ সনে এটি স্বাস্থ্য অধিদপ্তরে উন্নীত হয়। মহাপরিচালক, স্বাস্থ্য অধিদপ্তরের প্রধান হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। তাঁকে দুই জন অতিরিক্ত মহা পরিচালক সহায়তা প্রদান করেন। এ ছাড়া লাইনডাইরেক্টর (বিষয়ভিত্তিক পরিচালক),পরিচালক, উপ-পরিচালক, সহকারী পরিচালক,চিকিৎসাকর্মকর্তাসহ অন্যান্য কর্মকর্তা-কর্মচারীবৃন্দ কর্মরত আছেন। সকল মেডিকেল কলেজ হাসপাতাল ও বিভাগীয় স্বাস্থ্য কার্যালয়ে পরিচালকগণ প্রধান নির্বাহী কর্মকর্তার দায়িত্ব পালন করেন।