বাংলাদেশের জন্য একটি আধুনিক ও সুন্দর প্রতিরক্ষা ব্যবস্থা গড়ে তোলার লক্ষ্যে সর্বকালের সর্বশ্রেষ্ঠ বাঙালি জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের প্রত্যয়কে সামনে রেখে ১৯৭১ সালের ডিসেম্বর মাসের শেষ দিকে স্বাধীন বাংলাদেশের প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয় গঠন করা হয়। সচিবালয় হতে ১৯৭২ সালে এ মন্ত্রণালয়টি হাইকোর্ট ভবনে এবং ১৯৯৩ সালে শের-ই-বাংলা নগরের গণভবন কমপ্লেক্সে বর্তমান ভবনে স্থানান্তরিত হয়। প্রাথমিক পর্যায়ে ১৪টি দপ্তর/সংস্থা নিয়ে এ মন্ত্রণালয় গঠিত হয়।পরবর্তীতে প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের পরিবর্তন ও পুনর্গঠন প্রক্রিয়ার অংশ হিসাবে বেসামরিক বিমান পরিবহন ও পর্যটন মন্ত্রণালয় এবং সশস্ত্র বাহিনী বিভাগ গঠিত হয়। মুক্তিযুদ্ধ বিষয়ক মন্ত্রণালয় গঠিত হওয়ার পর মুক্তিযুদ্ধ/মুক্তিযোদ্ধা সংশ্লিষ্ট দু'টি শাখা প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয় থেকে নবগঠিত মুক্তিযুদ্ধ বিষয়ক মন্ত্রণালয়ে স্থানান্তরিত হয়।

 বর্তমানে ২৫টি দপ্তর/সংস্থা নিয়ে এ মন্ত্রণালয় পরিচালিত হচ্ছে। প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ে বর্তমানে ৫টি অনুবিভাগ, ১৫ টি অধিশাখা (প্রকৌশল উপদেষ্টা ও আইসিটি সেলসহ) এবং ৩০টি শাখা (পরিকল্পনা কোষ, হিসাব কোষ ও ইঞ্জিনিয়ার সেলসহ) রয়েছে। গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের মাননীয় প্রধানমন্ত্রী প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের দায়িত্বে নিয়োজিত আছেন। আধুনিক প্রযুক্তির ব্যবহার, সময়োপযোগী কর্ম-উদ্যোগ এবং বাস্তবানুগ ও দীর্ঘমেয়াদি কর্মপরিকল্পনার অংশ হিসাবে প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয় এবং এর আওতাধীন দপ্তর/সংস্থাসমূহ আন্তরিকতা ও নিষ্ঠার সঙ্গে কাজ করে চলেছে।

০১। বাংলাদেশের স্বাধীনতা ও সার্বভৌমত্ব রক্ষা এবং যে কোন প্রাকৃতিক দুর্যোগ মোকাবেলার লক্ষ্যে একটি আধুনিক সশস্ত্রবাহিনী গড়ে তোলা;

০২। একবিংশ শতাব্দের চ্যালেঞ্জসমূহ মোকাবেলায় সশস্ত্রবাহিনীতে একটি সক্ষম ও উপযুক্ত মানব সম্পদ গড়ে তোলা। আধুনিক জ্ঞান, দক্ষতা ও কারিগরি কুশলতায় সমৃদ্ধ এই মানবসম্পদকে বর্তমান বিশ্বব্যবস্থার সঙ্গে সঙ্গতিপূর্ণ করে তোলা;

০৩। অন্যান্য দেশ ও আন্তর্জাতিক সম্প্রদায়ের বিভিন্ন বিষয়ে ধারণালাভ;

০৪। একটি উন্নততর, সুখী ও শান্তিপূর্ণ বিশ্ব গড়ে তোলার লক্ষ্যে জাতিসংঘ শান্তিরক্ষা মিশনসমূহে উল্লেখযোগ্য অবদান ও অংশগ্রহণ নিশ্চিত করা।